Os efeitos negativos das Cruzadas incluíram as repetidas derrotas dos exércitos cristãos, a matança de inocentes e o saque de Constantinopla. A destruição de Constantinopla cortou qualquer esperança de consertar o cisma Leste-Oeste no Cristianismo, e esse evento deixou o Império Bizantino vulnerável ao Império Otomano.
Os massacres durante a Primeira Cruzada ocorreram quando o Conde Emicho liderou uma campanha que resultou no assassinato de judeus inocentes em toda a Renânia durante a Primeira Cruzada de 1096. Isso resultou em relações tensas entre judeus e cristãos. Os exércitos cristãos também massacraram homens, mulheres e crianças às centenas em seu caminho para capturar Jerusalém.
Os exércitos cristãos sofreram inúmeras derrotas durante as Cruzadas. Por exemplo, os exércitos do rei Luís VII da França e do rei Conrado III da Alemanha foram derrotados durante a Segunda Cruzada nas mãos dos exércitos muçulmanos em Damasco. Os cruzados que ocuparam Jerusalém foram conquistados pelo governante muçulmano Saladino, o que levou à Terceira Cruzada.
A pilhagem de Constantinopla ocorreu durante a Quarta Cruzada. O papa Inocêncio III derrubou Alex III de Bizantino em favor de seu sobrinho, que mais tarde se tornaria Alexius IV. A tentativa de Aleixo de impor a autoridade romana sobre o bizantino encontrou resistência e ele foi posteriormente morto. Os cruzados declararam guerra a Constantinopla, o que resultou na conquista e pilhagem da cidade. Igrejas também foram saqueadas e muitas pessoas foram mortas.
