De acordo com a Florida State University, o pH afeta a atividade da enzima ao alterar ou inibir uma enzima de catalisar uma reação. Mudanças no pH afetam as forças polares e apolares, alteram a forma de uma enzima e o local ativo, e fazer com que a alteração química ocorra de forma ineficaz ou não ocorra de todo.
A Florida State University afirma que grupos básicos em soluções ácidas serão protonados, enquanto grupos ácidos em ambientes básicos serão desprotonados. Isso altera as atrações elétricas entre os grupos polares.
A Florida State University afirma que cada enzima tem uma faixa ótima de pH. Algumas enzimas, como as do estômago, funcionam melhor em níveis de pH ácido muito baixos. Outras enzimas, como as da saliva, funcionam melhor perto da neutralidade. Ainda outras enzimas, como as lipases, funcionam melhor em níveis básicos de pH.
A Florida State University explica os efeitos dos níveis de pH na atividade enzimática usando dois exemplos que descrevem enzimas encontradas no sangue. Um exemplo é a acidose, que ocorre quando os níveis de pH caem no sangue, desviando as enzimas do sangue de sua faixa de pH ideal. Outro exemplo é a alcalose, que ocorre quando os níveis de pH aumentam exponencialmente, fazendo com que as enzimas funcionem de forma ineficaz. A Florida State University explica que essas condições normalmente não ocorrem por causa dos buffers encontrados no sangue. Esses buffers são substâncias que resistem à mudança no pH e restringem os níveis de pH a uma faixa estreita. Os muitos tampões encontrados no corpo ajustam os níveis de pH para que as enzimas possam continuar a catalisar suas reações.