Alterar o nível de pH pode alterar a forma de uma proteína. Este processo é chamado de "desnaturação" da proteína. Quando uma proteína se torna desnaturada, ela não funciona de maneira ideal ou simplesmente não funciona.
Uma proteína tem uma certa estrutura que afeta sua função. Por exemplo, proteínas como enzimas não podem mais se ligar a substratos se suas estruturas mudarem; da mesma forma, os anticorpos não podem se ligar a substâncias estranhas chamadas antígenos se sua estrutura tiver sido alterada.
As interações entre as cadeias laterais nos aminoácidos que constituem as proteínas fazem com que elas se dobrem em uma forma tridimensional única. Mudar o nível de pH altera essas interações da cadeia lateral, levando a uma mudança na forma da proteína. De acordo com o Brooklyn College, algumas proteínas podem retornar às suas formas originais se o nível de pH retornar às condições ideais.
