Algas e protozoários estão no mesmo reino, Protista, porque a criação inicial deste reino foi feita com base na semelhança superficial, e esses organismos eucarióticos e unicelulares pareciam se assemelhar mais do que qualquer outro outro grupo. Os três grupos principais de protistas - protozoários, algas e fungos viscosos - não estão particularmente relacionados. As leveduras, apesar de serem eucariotas unicelulares, são classificadas como fungos, não protistas.
Protista é realmente um reino de organismos que não se enquadra em nenhum dos outros reinos estabelecidos. Embora seu caráter geral seja de organismos unicelulares com um núcleo, muitas espécies multicelulares, particularmente algas, estão incluídas nele. Os fungos viscosos, outro grupo não relacionado, às vezes crescem como células gigantes macroscópicas com milhões de núcleos, de acordo com o Herbário Intermontano da Universidade Estadual de Utah. Os protistas são definidos mais pelo que não são do que pelo que são, e essa definição é controversa.
A classificação das algas é particularmente contestada. As algas incluem a maioria dos protistas fotossintéticos, mas alguns grupos, como os dinoflagelados, são na verdade mais relacionados aos protozoários do que as algas, como as algas. Além disso, a distinção entre muitos tipos de algas, particularmente algas multicelulares, e plantas não é muito bem definida, e alguns cientistas propõem que elas devem ser agrupadas separadamente dos protozoários.
