O iodo é frequentemente usado para tingir as células da cebola antes do exame microscópico para aumentar a visibilidade das células. Muitas células, incluindo as das cebolas e de outros vegetais, costumam ser transparentes. Quando as células não coradas são vistas ao microscópio, a luz passa diretamente pelas várias estruturas das células, revelando pouco ou nenhum detalhe. Por outro lado, quando iodo ou outros corantes são usados, a célula absorve o corante em suas várias organelas e estruturas, o que bloqueia a luz e permite que o olho do observador detecte os detalhes da célula.
O iodo não é o único corante usado em exames microscópicos. Iodo, corante alimentar, verde malaquita e azul de metileno são corantes comuns e de fácil acesso. Verde malaquita e azul de metileno estão disponíveis em lojas especializadas em aquários, mas iodo e corante alimentar estão disponíveis na maioria das drogarias e supermercados.
Diferentes tipos de estruturas celulares funcionam melhor com diferentes corantes. Por causa disso, os cientistas podem usar um corante que é feito sob medida para a organela específica. Além disso, os cientistas podem usar vários corantes que destacam muitas partes diferentes das células de uma planta ou animal. Os cientistas devem sempre ter cuidado porque os corantes não mancham apenas as células. Eles também podem manchar as mãos e a pele dos cientistas.