North Dakota State University define uma sonda de DNA como um pequeno pedaço de ácido nucleico (normalmente DNA de fita simples) que é usado para detectar trechos complementares de DNA. As sondas de DNA usadas em experimentos de hibridização são marcadas para que possam ser visualizados.
Como a Wikipedia explica, as sondas de DNA são normalmente marcadas com bases radioativas ou fluorescentes. É mais comum usar sondas fluorescentes de DNA porque uma variedade de diferentes comprimentos de onda fluorescentes podem ser escolhidos, o que permite aos cientistas hibridizar mais de uma sonda para uma determinada amostra de cada vez.
De acordo com "Human Molecular Genetics", as sondas de DNA podem ser usadas para uma variedade de diferentes técnicas de biologia molecular. Quando usadas com um Southern ou Northern blot, as sondas de DNA podem ser usadas para detectar fragmentos de tamanho de um gene ou outro segmento de DNA em questão.
As sondas de DNA também podem ser usadas para técnicas de hibridização fluorescente in situ, nas quais os cromossomos são desnaturados em lâminas de microscópio. Este método permite a detecção de aberrações cromossômicas maiores, incluindo cromossomos quebrados ou fundidos. As técnicas de pintura cromossômica utilizam hibridização in situ para pintar cromossomos metafásicos em cores diferentes, o que torna o mapeamento cromossômico mais fácil. Essa técnica também pode ser usada para detectar sequências de cromossomos que foram conservadas entre diferentes espécies.
