A absorção ocorre principalmente no intestino delgado, mas uma parte dela também é realizada no estômago e no intestino grosso. A absorção pode ocorrer em dois estágios no intestino delgado. Esses são chamados de estágios luminal e membranoso.
O estágio luminal de absorção ocorre no lúmen e é conduzido pelas enzimas pancreáticas, enquanto o estágio membranoso é conduzido pelas enzimas da mucosa intestinal. O intestino delgado é altamente vascularizado, o que significa que o órgão é mais capaz de transportar nutrientes do epitélio para o sangue. Os vasos linfáticos encontrados no intestino delgado ajudam a reunir nutrientes, bem como coletar agentes infecciosos para ajudar a destruí-los.