A absorção de proteínas, ou mais precisamente de aminoácidos, ocorre no intestino delgado. As proteínas costumam ser moléculas enormes que devem ser quebradas em aminoácidos e peptídeos pequenos o suficiente para serem absorvidos pelo intestino delgado. Depois disso, os aminoácidos são enviados para a corrente sanguínea.
A digestão das proteínas começa no estômago, onde o poderoso ácido clorídrico inicia a quebra das moléculas de proteína. Junto com o ácido estomacal, a proteína é parcialmente quebrada por uma enzima chamada pepsina. A pepsina é digna de nota porque o ácido do estômago não a danifica. Funciona melhor em um ambiente altamente ácido.
Depois que a proteína é parcialmente degradada no estômago, ela continua para o intestino delgado, onde é posteriormente decomposta por enzimas e sucos secretados pelo pâncreas. Essas enzimas quebram as proteínas em aminoácidos e peptídeos que contêm dois ou três aminoácidos. É importante que o corpo seja capaz de absorver aminoácidos, pois existem nove que o corpo precisa, mas não sintetiza.
As proteases secretadas pelas células que revestem o intestino contribuem ainda mais para a degradação das proteínas. Esses aminoácidos e peptídeos são então enviados pelo intestino para a corrente sanguínea.