Uma colônia isolada é uma colônia bacteriana que foi isolada de outros contaminantes, geralmente colocando uma amostra em uma placa de Petri estéril ou lâmina de vidro com nutrientes. Este processo garante que quaisquer observações ou experimentos sejam gratuitos de contaminantes biológicos externos. Essa colônia costuma ser chamada de "cultura pura".
Como a cultura mais pura é derivada de uma única célula, os biólogos podem ir longe para criar colônias isoladas. A primeira cultura é considerada contaminada. É disperso no meio nutriente, muitas vezes simplesmente passando-o pela lâmina ou prato. Se feito corretamente, isso garante que as células em divisão criarão pequenas colônias isoladas que podem ser movidas para outra lâmina como uma cultura pura. Outro método para criar culturas puras envolve a dissolução de amostras bacterianas em água e, em seguida, o uso de um microscópio para localizar uma gota com uma única bactéria isolada. Essa bactéria é então colocada em uma solução nutritiva de água para criar a colônia.
Depois de desenvolvida uma colônia isolada, ela pode ser usada para diversos fins. Em laboratórios médicos, colônias isoladas são freqüentemente usadas para identificar e diagnosticar doenças, examinar as qualidades de uma amostra de células cancerosas ou determinar quais antibióticos são mais eficazes no combate à bactéria. Os laboratórios de genética usam essas amostras para fazer experiências com DNA recombinante ou para procurar genes específicos.