Cloreto de berílio é uma molécula apolar. A forma de BeCl2 é linear, com o berílio central ligado em ambos os lados a um átomo de cloro. As eletronegatividades dos átomos de cloro, portanto, se cancelam, deixando uma molécula apolar.
O cloreto de berílio é um exemplo de molécula com deficiência de elétrons porque o átomo de berílio compartilha apenas um total de quatro elétrons, enquanto os átomos na maioria das moléculas covalentes compartilham oito. Normalmente, átomos como o berílio, localizados no primeiro ou segundo grupos da tabela periódica, formam ligações iônicas, o que lhes permite atingir uma configuração de gás nobre sem compartilhar elétrons. No entanto, o berílio é significativamente mais eletronegativo do que a maioria dos átomos nesses grupos, e é por isso que forma ligações covalentes.