Arquéias e bactérias são procariontes sem núcleo celular e organelas ligadas à membrana, enquanto protistas são eucariotos que possuem essas duas características. Arquéias e bactérias são sempre unicelulares, enquanto um pequeno número de protistas são organismos multicelulares.
Archaea e bactérias armazenam seu DNA em anéis chamados plasmídeos, e ambos são cercados por paredes celulares. Os protistas armazenam seu DNA dentro de um núcleo celular definido. Alguns grupos protistas, como as algas, possuem paredes celulares; outros grupos, como os protozoários semelhantes a animais, não têm paredes celulares.
Embora todas as arquéias e bactérias sejam organismos unicelulares, alguns protistas são organismos multicelulares. Os protistas multicelulares incluem algas e outras grandes espécies de algas marrons; todas as outras espécies de protistas são unicelulares. Todos os três grupos incluem espécies variadas que obtêm energia de diversas maneiras: através da fotossíntese, através do consumo de produtos químicos e através do consumo de outros organismos.
A maioria das arquéias consome produtos químicos, mas algumas espécies podem mudar para a fotossíntese quando necessário. Todas as espécies de algas obtêm sua energia por meio da fotossíntese, mas animais e protistas semelhantes a fungos consomem outros organismos como alimento. As bactérias estão representadas em todos os três grupos e têm uma gama mais diversa de habitats do que arqueas ou protistas. Archaea tem o menor habitat dos três grupos, vivendo em ambientes extremos que não podem suportar outras formas de vida.
