De acordo com a American Society of Microbiology, os antissépticos atuam alterando o pH do ambiente das bactérias, tornando o ambiente habitável. Como os microrganismos se adaptam a seus ambientes, os antissépticos precisam agir rapidamente para exterminar a bactéria antes que tenha a chance de se adaptar.
O corpo é capaz de combater naturalmente a maioria dos tipos de bactérias. Na verdade, é a exposição a bactérias que ajuda o corpo a criar resistência a ela. Estudos indicam que o uso de antibióticos, anti-sépticos e outros produtos eliminadores de germes em crianças é um forte contribuinte para o desenvolvimento de alergias mais tarde na vida.
De acordo com os Centros de Controle e Prevenção de Doenças, uma das maiores preocupações na área médica é um grupo de microrganismos que criam resistência a antissépticos e antibióticos. Devido à rápida taxa de mutação e proliferação, existe a preocupação de que uma colônia muito pequena de bactérias que é resistente a antissépticos e antibióticos tenha o potencial de se tornar uma grande colônia rapidamente. Bactérias como essa provavelmente darão origem a uma nova forma de patógeno que possui uma resistência natural à medicina moderna. Isso funciona da mesma forma que uma pessoa tomando apenas metade de seus antibióticos, dando origem ao que os cientistas e médicos chamam de super-bactérias, que se tornaram resistentes aos antibióticos.