O fertilizante está no topo da lista quando se trata de poluentes que têm efeitos prejudiciais nos ecossistemas aquáticos ao adicionar produtos químicos e interromper as funções do ecossistema. Eles causam danos consideráveis em curtos períodos de tempo. Os fertilizantes podem impactar os ecossistemas aquáticos como fontes pontuais e difusas de poluição, mas independentemente da entrada, seus efeitos são profundos.
Os fertilizantes entram principalmente em ambientes aquáticos na forma de produtos químicos, principalmente nitrogênio e fósforo. No entanto, eles também podem entrar em lagos, riachos e outros ecossistemas aquáticos por meio de aparas de grama e folhas rasteadas, que chegam nesses ambientes por meio de drenos e depositam grandes volumes de fósforo.