As eubactérias se reproduzem assexuadamente por meio da fusão binária. A fusão binária é uma replicação completa do material genético da bactéria que resulta na divisão de uma célula-mãe em duas células bacterianas idênticas. Pode ocorrer rapidamente em uma divisão a cada 20 minutos, o que explica a incrível capacidade replicativa das eubactérias.
No início da fusão binária, o material genético de uma célula de eubactéria é copiado para que dois conjuntos de cromossomos sejam formados. Essas duas cópias de cromossomos movem-se para regiões separadas de nucleotídeos e a membrana plasmática começa a crescer entre as duas cópias. Quando essas cópias dobram de tamanho original, a membrana plasmática se une, separando a célula de eubactéria original em duas células-filhas. Essas duas células-filhas são independentes uma da outra, mas às vezes podem permanecer conectadas. Essa conexão é o que forma colônias em algumas espécies. Como as células produzidas por fusão binária são geneticamente idênticas, são facilmente destruídas com antibióticos. Para combater isso, as eubactérias se recombinam por meio de conjugação, transdução e transformação.
Bactérias são um tipo de eubactéria e algumas possuem a capacidade de entrar em um estágio dormente chamado de "esporo", no qual descansam até que as condições ameaçadoras passem. Os esporos são resistentes ao calor, secura severa, radiação e produtos químicos tóxicos.
