A principal diferença entre pró-fase I e pró-fase II é o processo de recombinação genética que ocorre durante a pró-fase I, mas não se repete na pró-fase II. Durante a pró-fase I, os pares homólogos duplicados se alinham e se cruzam over, que é o processo pelo qual as cromátides trocam informações genéticas. Como esse processo ocorre durante a pró-fase I, ele não precisa se repetir durante a pró-fase II.
Prófases I e II são os primeiros estágios do processo de meiose de duas fases, que é a divisão celular responsável pela produção das células sexuais ou gametas que criam a variação genética. Cada um dos gametas resultantes possui metade do material genético da célula-mãe original. De acordo com Prentice Hall, durante a prófase I, duas cromátides não irmãs se alinham para formar uma tétrade e trocar informações genéticas. Como cada cromátide não-irmã é de uma célula paterna e de uma célula materna, a variação genética é criada à medida que cada célula se cruza ou troca informações com a outra. Devido à duração desse processo, a prófase I consome 90 por cento do tempo de um processo de meiose de duas partes; portanto, a prófase I é consideravelmente mais longa do que a prófase II.
Durante a prófase II, que ocorre durante a segunda fase da meiose conhecida como meiose II, o envelope nuclear se quebra e o aparelho do fuso se forma. Então, os cromossomos começam a migrar para o centro da célula. Esses processos também ocorrem durante a prófase I.
