O fim da civilização Inca e sua autoridade governante final veio com a captura espanhola da fortaleza Inca rebelde em Vilcabamba e a execução do último dos governantes Inca, Tupac Amaru, em 1572. A conquista do Império Inca por os espanhóis começaram 40 anos antes com a execução do imperador soberano inca, Atahualpa, pelo conquistador Francisco Pizarro em 1532. Os espanhóis estabeleceram um governo inca fantoche para ajudá-los a controlar seu território recém-adquirido, mas uma rebelião começou em 1536 e continuou até a captura e saque de Vilcabamba em 1572 pelo vice-rei espanhol do Peru, Francisco Toledo.
A conquista espanhola do Império Inca trouxe resultados catastróficos de longo prazo para os povos indígenas da região. A população indígena nas áreas que antes faziam parte do Império Inca sofreu uma diminuição tradicionalmente estimada em cerca de 50 por cento. O governo colonial trouxe consigo a exploração, o trabalho forçado, a perda cultural e as realocações forçadas.
A maioria das mortes indígenas ocorreu devido a doenças infecciosas europeias que os conquistadores e colonos espanhóis, sem saber, trouxeram com eles. Sem imunidade adquirida a doenças européias, como sarampo e varíola, os indígenas sofreram mais mortes por causa das doenças recém-introduzidas do que pelos conflitos armados que se seguiram à chegada dos conquistadores. Um estudo de 1981 sugeriu que, em 1591, as ondas coletivas de epidemias podem ter reduzido a população indígena na região dos Andes em até 93%, a partir do momento do primeiro contato com os europeus.
