Os peregrinos da colônia da baía de Plymouth eram calvinistas e separatistas puritanos, enquanto os puritanos da colônia da baía de Massachusetts estavam determinados a reformar a Igreja Anglicana por dentro. Embora ambos fossem protestantes e puritanos, eles tinham objetivos diferentes e crenças.
A maioria dos puritanos queria purificar as práticas da igreja anglicana, preferindo reformá-la por dentro para remover todas as manchas do culto católico. Muitos desses puritanos fundaram a Colônia da Baía de Massachusetts para construir sua cidade em uma colina, uma igreja que outros puritanos poderiam ver como modelo. No entanto, os peregrinos determinaram no final do século 16 que a Igreja Anglicana estava além de reformas. Portanto, eles se separaram totalmente da Igreja, muitos deles se mudando para a Holanda antes de emigrar para as colônias americanas.Embora essas diferenças pareçam pequenas, era mais fácil para os puritanos de Massachusetts obter financiamento e a aprovação e proteção do trono britânico do que para os peregrinos. Além disso, os puritanos de Massachusetts eram, em geral, um grupo mais instruído e mais rico do que os peregrinos, que eram em sua maioria artesãos e fazendeiros. Isso levou, com o tempo, a mais prosperidade e um crescimento muito mais rápido para a área de Boston-Salem. Em 1691, a ainda pequena Colônia de Plymouth se fundiu com a Colônia da Baía de Massachusetts para formar a Província da Baía de Massachusetts.