O conceito de matéria surgiu com os filósofos gregos antigos. Inicialmente, Empédocles propôs que todas as coisas eram feitas de alguma combinação de água, fogo, terra e ar.
Seguindo as ideias de Empédocles, surgiu o conceito de dividir todas as coisas até que não pudessem ser divididas em sub-partes menores, dando origem às primeiras teorias sobre os átomos. Demócrito foi o filósofo que articulou esse conceito e chamou essas partes de "atomos". Afirmou que os atomos não podiam ser destruídos e que as partículas de atomos que constituem um material, como a pedra, são diferentes dos atomos que constituem outro material, como o pelo.
Desde a era grega antiga, as descobertas modernas moldaram o conceito de matéria como é conhecido hoje. Em 1643, Evangelista Torricelli mostrou que o ar tinha massa, o que demonstrou que mesmo em uma substância as pessoas não podem ver ou tocar, algo físico estava presente. Daniel Bernoulli teorizou que isso acontecia porque o ar tinha partículas que se comportavam de maneira diferente das partículas de uma parede de pedra. Os átomos que constituem o ar, de acordo com Bernoulli, afastaram-se quando algo mais se moveu pelo ar. Em 1897, J.J. Thomson descobriu o elétron, que revolucionou tudo o que se sabia sobre os átomos naquela época. Anteriormente, eles não eram conhecidos por terem subpartes.