As colônias do sul tinham muitas religiões diferentes, mas eram principalmente anglicanos ou batistas. As colônias do meio também tinham muitas religiões diferentes, que incluíam católicos, judeus e quacres.
As leis originais das colônias obrigavam as pessoas a frequentar uma espécie de igreja e também a pagar impostos que ajudavam a pagar as igrejas. Foi mais tarde que os colonos decidiram se tornar mais tolerantes religiosamente e separar a igreja do estado. Curiosamente, por toda a sua importância, a separação entre igreja e estado não está explicitamente escrita em nenhuma das leis fundadoras, incluindo a Constituição dos Estados Unidos. A ideia da "separação entre igreja e estado" apareceu pela primeira vez quando os batistas na Virgínia queriam ter tolerância religiosa por parte dos anglicanos que viviam na área.
