As enzimas protease quebram as proteínas em peptídeos, enquanto as enzimas peptidase quebram pedaços menores de proteínas em aminoácidos. O pepsinogênio é secretado pelas glândulas gástricas no estômago, que é um ambiente altamente ácido após um pessoa come.
A acidez faz com que o pepsinogênio seja ativado, quebrando proteínas como a enzima pepsina. Outras enzimas como quimotripsina, tripsina e carboxipedtidase também auxiliam na digestão de proteínas. Proteases e petidases também são usadas em alguns detergentes para quebrar manchas orgânicas. Os inibidores de protease são usados para ajudar pacientes com o vírus da AIDS, porque o vírus usa proteases ao se reproduzir.
