O principal motivo pelo qual os cientistas e alunos colorem as células da cebola é para tornar mais fácil discernir as várias estruturas e organelas. Na prática, a maioria das células é tratada com manchas ou corantes para dar a elas maior contraste e melhorar a capacidade do pesquisador de visualizar os principais recursos. Vários corantes e corantes diferentes são comumente usados, incluindo eosina, iodo e safranina.
As cebolas e suas células constituintes são essencialmente incolores. Se eles forem vistos microscopicamente, sem corantes ou manchas, é difícil visualizar as partes das células. No entanto, quando coradas, muitas estruturas diferentes da célula tornam-se visíveis. Diferentes tipos de manchas são usados para ajudar a definir diferentes partes da célula. Por exemplo, tinta de caneta esferográfica é bem adequada para manchar o núcleo das células da cebola. O tetróxido de ósmio é uma mancha preta usada para ajudar a aumentar o contraste dos lipídios. Violeta de cristal é uma tinta usada em conjunto com uma substância química chamada mordente para tingir as paredes celulares das células vegetais.
Muitas manchas e corantes são prejudiciais, por isso devem ser usados apenas em células não vivas. Uma exceção a isso é o vermelho de toluileno, que pode ser usado em células vivas. O marrom Bismark é outro corante que pode ser usado em células vivas.
