Comparado aos esqueletos femininos, os esqueletos masculinos são maiores e mais pesados e têm mais desenvolvimento ósseo em torno dos pontos de fixação muscular. Os ossos masculinos são mais longos, mais grossos e mais robustos. No entanto, a maior diferença está na pelve. A pélvis em um esqueleto feminino é maior e mais aberta, o resultado direto do papel de procriação.
A pélvis feminina tem uma grande entrada pélvica circular em comparação com a entrada pélvica mais estreita e em forma de coração de um homem. Uma mulher tem uma incisura ciática mais ampla e os ossos do quadril são alargados para fora em comparação com a estrutura esquelética de um homem. A pelve feminina também tem um ângulo mais amplo onde os dois ossos púbicos se encontram na frente.
Existem diferenças nos crânios também. Os crânios masculinos são geralmente mais pesados, maiores e mais grossos em relação aos femininos. Sua estrutura facial é mais rugosa em geral. Os homens também têm uma crista da testa mais pronunciada, quase totalmente ausente nas mulheres, e têm órbitas oculares proeminentes.
É importante notar que pode haver sobreposição entre as características masculinas e femininas, embora haja um dimorfismo sexual natural. Os homens ainda podem ser baixos com estrutura leve, enquanto as mulheres podem ter cinturas pélvicas estreitas que não permitem o parto natural. Na ausência dessas ambigüidades, os esqueletos masculinos e femininos podem ser diferenciados examinando os ossos.