A diferença entre epistemologia e ontologia em parte é o assunto que está sendo estudado por cada um. Na ontologia, o estudo do ser ou existência e questões de quais tipos de entidades existem são estudados. Em epistemologia, o estudo do saber e como chegamos a saber e as questões sobre o que é o conhecimento e como o conhecimento é possível são estudados.
Tanto a ontologia quanto a epistemologia são ramos da filosofia. Ontologia é um tipo de metafísica. A epistemologia frequentemente envolve um debate entre empirismo e racionalismo, no qual o primeiro afirma que o conhecimento só pode ser obtido por meio da experiência, enquanto o último acredita que o conhecimento pode ser adquirido apenas pela razão.
A ontologia se preocupa com o que é verdade e, por outro lado, a epistemologia envolve os diferentes métodos de descobrir essa verdade. Em outras palavras, a ontologia trata da natureza da realidade e a epistemologia trata da relação entre o pesquisador ou outra pessoa e essa realidade.
Muitos problemas têm ontologias ou teorias múltiplas e freqüentemente conflitantes sobre o que é verdade, bem como várias epistemologias ou maneiras de descobrir as coisas. Por exemplo, ciência e religião têm ontologias e epistemologias opostas sobre a existência de Deus e as origens do universo.
