A distinção entre os dois termos é principalmente que os compostos orgânicos contêm carbono, enquanto quase todos os compostos inorgânicos não. Existem, no entanto, alguns compostos inorgânicos que ainda contêm carbono, como o dióxido de carbono. Quase todos os compostos orgânicos contêm ligações carbono-hidrogênio, e alguns cientistas recomendam que esse requisito seja incluído na definição de compostos orgânicos.
Sciences360 explica que esta distinção não é uma classificação científica formal, mas apenas uma categorização útil de compostos à base de carbono. As moléculas que compõem as partes dos seres vivos, os blocos de construção da vida, como proteínas, gorduras, açúcares e enzimas, são consideradas moléculas orgânicas. Esses compostos orgânicos complexos são baseados no carbono porque ele tem a capacidade única entre os elementos de formar até quatro ligações covalentes diferentes por átomo e essencialmente se ligar a outros átomos de carbono indefinidamente. Essa propriedade permite que ele forme compostos com uma variedade quase ilimitada de estrutura.
Outra distinção é que, quando comparadas com compostos orgânicos, as moléculas inorgânicas costumam ser muito mais simples em sua composição. O sal de mesa, por exemplo, é um composto inorgânico formado por um átomo de sódio e um átomo de cloro, enquanto uma das moléculas orgânicas mais complexas é o DNA humano, um composto que pode ter milhares de átomos de comprimento.