O cérebro humano tem várias partes e cada uma tem uma coloração distinta. A superfície do córtex é frequentemente referida como massa cinzenta para distingui-la dos nervos revestidos de mielina por baixo dela, que são um branco muito mais brilhante.
Os gânglios da base dos neurônios contêm um pigmento especial, chamado neuromelanina, que os mancha de preto. Essas áreas são chamadas de substantia nigra, ou "matéria negra", em latim. O cérebro também é altamente vascularizado, com elaboradas redes de vasos sanguíneos que alimentam cada parte dele. O sangue nesses vasos confere uma tonalidade avermelhada ou rosa à maioria dos tecidos cerebrais vivos.
