Uma longa cadeia de muitos aminoácidos é chamada de polipeptídeo. Um polipeptídeo tem centenas ou mesmo milhares de aminoácidos ligados entre si, enquanto um peptídeo é uma cadeia menor de aminoácidos. Como o nome sugere, os polipeptídeos são compostos de vários peptídeos.
Uma longa cadeia de aminoácidos também pode ou não ser considerada uma proteína. Em geral, a cadeia básica de ácidos é considerada um polipeptídeo até que tome sua forma tridimensional final, que é funcional. Além disso, certas proteínas são compostas por polipeptídeos e outros grupos moleculares chamados cofatores ou grupos protéticos. As proteínas são responsáveis por uma ampla gama de tarefas biológicas na maioria dos organismos vivos.