Existem três grupos principais de Archaeabacteria: Crenarchaeota, Euryarchaeota e Korarchaeota. Crenarchaeota são extremamente tolerantes ao calor e Euryarchaeota sobrevivem em habitats sem oxigênio ou salgados. Korarchaeota são os menos compreendidos dos grupos.
A maioria das Archaeabacteria são extremófilos que se desenvolvem em habitats inóspitos para a maioria das outras formas de vida. Crenarchaeota são termófilos, muitos dos quais também resistem a enxofre e alta acidez. Esses organismos vivem em habitats vulcânicos e fontes termais. O pH do ambiente varia de 5 a 1 e eles suportam temperaturas acima de 230 graus Fahrenheit.
Euryarchaeota contém halófilos, organismos que prosperam em ambientes como lagos salgados. Este grupo também inclui metanógenos que vivem em condições anaeróbias, como pântanos e até mesmo os intestinos de outros animais. O gás metano é o produto do metabolismo do metanogênio.
Como Crenarchaeota, Korarchaeota vivem em habitats de alta temperatura, como fontes termais. Esses organismos são primitivos e são algumas das Archaeabacteria menos comuns na natureza.
Archaebacteria e Eubacteria, ou bactérias verdadeiras, compartilham um ancestral comum, e Archaeabacteria são semelhantes às bactérias verdadeiras, bem como à vida eucariótica. A pesquisa sugere que os eurkaryotes surgem, evolutivamente, de Archaeabacteria. Além disso, é hipotetizado que eucariotos e Crenarchaeota têm mais em comum do que os diferentes grupos de Archaeabacteria têm uns com os outros.