Algumas espécies de fungos produzem toxinas prejudiciais que causam doenças ou morte quando ingeridas. Os fungos também são responsáveis por infecções de pele, como micose e pé de atleta. Outros fungos têm esporos transportados pelo ar que causam doenças e infecções com risco de vida, de acordo com o Fungal Infection Trust.
Formas de fungos unicelulares, chamadas leveduras, têm a capacidade de se tornarem patogênicas. Candida albicans, uma levedura que normalmente está presente na boca, esôfago, intestino e vagina, causa aftas e infecção vaginal ou intestinal por fungos se ela crescer demais. Outra levedura chamada Cryptococcus neoformans causa uma infecção perigosa e potencialmente letal da membrana do cérebro chamada meningite criptocócica.
Moldes, que são fungos multicelulares, causam cárie em alimentos e vegetais e secretam micotoxinas que causam aborto, defeitos congênitos e câncer de fígado, conforme declarado pelo Health Hype. Em 2012, doenças e infecções fúngicas destroem aproximadamente 125 toneladas das cinco principais safras de alimentos a cada ano, que são arroz, trigo, milho, batata e soja. Os danos a essas plantações custam à agricultura global cerca de 60 bilhões de dólares por ano. As safras danificadas afetam desproporcionalmente as nações em desenvolvimento que dependem fortemente dessas safras. Novas doenças fúngicas ameaçam a existência de anfíbios, abelhas, tartarugas marinhas, morcegos e corais ameaçados de extinção, relata o Science Daily.