As desvantagens da tecnologia de DNA recombinante são amplamente agrupadas em questões comerciais e ambientais. Questões como a criação de uma monocultura e o controle de organismos modificados por interesses corporativos são generalizadas e complexas.
Existe uma grande preocupação com relação à propriedade de organismos geneticamente modificados por entidades corporativas. Em muitos casos, essas entidades detêm patentes de informações genéticas de tais organismos, levantando questões sobre a capacidade de possuir e legislar os blocos de construção da vida. Esse controle está no setor corporativo também abre muitas questões sobre ética, incentivos econômicos e outras práticas.
Uma monocultura é uma população de organismos composta, efetivamente, por cópias ou clones. Esses organismos se tornam vulneráveis exatamente da mesma maneira, o que significa que uma única doença ou praga poderia eliminá-los inteiramente. É considerado vital criar e manter safras de reserva que poderiam servir, nesse caso, para reabastecer os estoques e resgatar a produção.
Outras preocupações relacionadas ao uso de DNA recombinante incluem o medo persistente de contaminação cruzada e a migração de DNA proprietário entre organismos. As plantas resilientes podem, teoricamente, levar a ervas daninhas resilientes que podem ser muito difíceis de controlar. Organismos recombinantes que contaminam ambientes naturais são outra preocupação.
