Corpos de água afetados pela chuva ácida incluem os riachos e lagos que cercam as montanhas Adirondacks e Catskill, as terras altas da região média dos Apalaches e o Alto Meio-Oeste. Uma pesquisa realizada pela Agência de Proteção Ambiental indica que mais de 75 por cento de todos os 1.000 corpos de água doce com mais de 10 acres são acidificados.
A situação é particularmente terrível em áreas onde a capacidade de proteção do solo é baixa, pois isso leva ao acúmulo de acidez do solo quando a chuva ácida cai continuamente. Little Echo Pond em Franklin, N.Y., é um excelente exemplo, registrando um pH de 4,2. Riachos que fluem por regiões com baixa capacidade de tamponamento do solo absorvem a acidez do solo, ganhando acidez própria. Outras fontes de acidez do rio incluem escoamento ácido de dilúvios e derretimento da neve.
A chuva ácida também causa problemas ecológicos, incluindo a redução da população de peixes devido à erradicação de ovas e alevinos. A chuva ácida impede o crescimento das árvores, perturbando o equilíbrio ecológico dos biomas florestais. A taxa de liberação de íons de metais, como alumínio, no ecossistema é acelerada em um ambiente ácido. Esses íons metálicos são tóxicos, causando grandes danos a peixes e animais aquáticos. A destruição da vida vegetal e animal devido à chuva ácida resulta em um efeito cascata, no qual a biodiversidade comprometida do ecossistema causa complicações próprias.
