Embora Thomas Jefferson originalmente apoiasse a ideia de um governo federal forte, ele renunciou ao gabinete do presidente George Washington em 1793 principalmente por causa de sua forte oposição às visões federalistas de Alexander Hamilton, particularmente no que diz respeito ao financiamento de dívidas de guerra. A redação anônima de Jefferson da Resolução de Kentucky foi uma das primeiras declarações escritas dos direitos dos estados e foi uma tentativa de provar que as Leis de Sedição e Estrangeiros apoiadas pelos federalistas de 1793 eram inconstitucionais. Jefferson rejeitou totalmente o conceito de poderes implícitos, que sustentava que o governo federal poderia exercer quaisquer poderes não expressamente proibidos na Constituição dos Estados Unidos.
Thomas Jefferson se tornou o terceiro presidente dos Estados Unidos em 1801 e rapidamente substituiu ex-nomeados federalistas por membros de seu próprio Partido Republicano-Democrático. Como presidente, ele se concentrou principalmente nas relações exteriores e permitiu que os estados tomassem suas próprias decisões em questões de governança local. No início de seu governo, Jefferson revogou o imposto especial de consumo de uísque e outros impostos federais, fechou o que considerava escritórios governamentais desnecessários e começou a desmantelar o sistema fiscal federalista anterior estabelecido por Alexander Hamilton.
O objetivo de Jefferson era impedir o estabelecimento de uma aristocracia americana que tivesse qualquer semelhança com a monarquia britânica que os Estados Unidos haviam lutado na Guerra Revolucionária. Sua defesa dos direitos dos estados e de um governo federal que não interferisse na governança local foi uma doutrina que alguns governos estaduais interpretaram como um direito de se separar da união nas disputas políticas que levaram à guerra civil.