Embora as várias teorias para a causa do 11 de setembro variem amplamente e incluam a alegação de teóricos da conspiração de que foi um trabalho interno do governo dos Estados Unidos, a maioria das pessoas acredita que foi feito para protestar o apoio dos EUA à Israel, bem como sua presença militar no Oriente Médio em geral. Os invasores eram supostamente terroristas islâmicos de várias nações do Oriente Médio financiados por Osama bin Laden. Cada um dos 19 sequestradores que juntos assumiram o controle de quatro aviões comerciais com intenção de realizar ataques suicidas estavam associados diretamente ao grupo terrorista Al Qaeda de Bin Laden.
Bin Laden declarou guerra santa contra os Estados Unidos em 1998. Naquela época, ele pediu o assassinato de civis americanos em uma fatwa que ele assinou. Vários estudiosos do Oriente Médio acreditam que o 911 foi a maneira de Bin Laden de provocar os EUA em uma guerra que incitaria os muçulmanos em todo o mundo a se unirem em oposição ao Ocidente.
Os críticos do governo federal afirmam que o fracasso em impedir o 11 de setembro foi o resultado do governo dos Estados Unidos não compartilhar informações entre suas várias agências de inteligência, várias das quais tinham advertido antecipadamente sobre partes da trama do 11 de setembro.
Outros culpam a falta de segurança do aeroporto, apontando para o fato de que os terroristas conseguiram contrabandear facas e alicates para aviões em três aeroportos na Costa Leste.
