É importante equilibrar adequadamente uma centrífuga porque uma máquina desequilibrada pode danificar o rotor, causar danos catastróficos à própria máquina ou até mesmo ferir ou matar o pessoal do laboratório que trabalha na sala. Equilibrar uma centrífuga envolve espalhar o peso das amostras por todo o rotor.
Quando há um número par de amostras, a centrífuga pode ser balanceada dividindo o número total de tubos pela metade e colocando os dois conjuntos no rotor diretamente opostos um ao outro para criar um número igual de tubos em cada lado. Por exemplo, uma coleção de oito amostras é balanceada colocando quatro em uma linha de cada lado.
Quando houver um número ímpar de amostras, um tubo de equilíbrio contendo líquido no mesmo volume e densidade que as amostras de teste pode ser usado para criar um número par de tubos. Alternativamente, um número ímpar de tubos pode ser organizado usando um padrão algorítmico com base no número específico de tubos de amostra e no número de fendas disponíveis no rotor da centrífuga. Por exemplo, em um rotor de 12 fendas, o equilíbrio pode ser alcançado colocando três tubos de amostra em um padrão triangular, deixando três fendas vazias entre cada fenda preenchida.