A eletroforese, também chamada de eletroforese em gel, é usada para separar as macromoléculas de DNA, RNA e proteínas. O DNA e o RNA são separados de acordo com seu tamanho e comprimento, enquanto as proteínas são separadas de acordo com suas cargas.
A eletroforese é usada em DNA para impressões digitais para análise forense, testes de paternidade, verificação de reações de PCR, detecção de doenças e para procurar relações evolutivas entre organismos. Uma solução de moléculas de DNA carregadas negativamente é puxada através do gel usando um campo elétrico. As moléculas de DNA menores são puxadas através do gel mais rápido do que as moléculas de DNA maiores. Isso cria uma série de bandas que contêm moléculas de DNA de tamanhos diferentes. As bandas que estão longe do início do gel são aquelas que contêm os menores fragmentos de DNA, enquanto as bandas que contêm os maiores fragmentos de DNA estão situadas mais próximas do início do gel.
Uma variedade de géis de eletroforese são usados para determinar as informações fornecidas pelas proteínas, e o tipo de gel usado é determinado pelas informações necessárias. As proteínas contêm uma variedade de aminoácidos que atuam como blocos de construção para a estrutura das proteínas. O número de aminoácidos que as proteínas contêm e as modificações químicas associadas às proteínas determinam seu tamanho. As proteínas também têm cargas diferentes com base no tipo de proteína em questão.