Dinoflagelados autotróficos criam seu próprio alimento convertendo energia luminosa em energia química usando fotossíntese. Os dinoflagelados heterotróficos recebem nutrição do processamento de outras substâncias orgânicas complexas. Esses dinoflagelados se alimentam de algas, outros dinoflagelados e das larvas ou ovos do plâncton marinho.
Os dinoflagelados são organismos marinhos unicelulares que constituem um importante componente do plâncton. Eles estão presentes em um grande número de espécies de algas e podem viver em água doce, estuários, mares tropicais ou mesmo no Ártico. Esses microrganismos nas algas planctônicas fornecem alimento para ostras, vieiras, mariscos e larvas de crustáceos. Uma explosão na densidade populacional de dinoflagelados fotossintéticos pode descolorir a água, criando o fenômeno comumente conhecido como "maré vermelha".