As raposas Fennec são presas de chacais e grandes águias, como a coruja-real. Embora não tenha sido comprovado, outros animais que se acredita que comem raposas fennec incluem hienas, caracais e cães domésticos locais.
Os cientistas sabem muito pouco sobre a vida e a ecologia das raposas fennec, então o número total de predadores que se alimentam das raposas permanece desconhecido. Estudos têm demonstrado que as raposas fennec são rápidas e ágeis, o que as torna uma presa difícil de capturar. O comportamento noturno da raposa e as adaptações fisiológicas ao severo habitat do deserto, como orelhas grandes, pêlo cor de areia e a capacidade de sobreviver sem água por longos períodos de tempo, aumentam ainda mais as chances da raposa de sobreviver aos predadores.
