O calcário vem do acúmulo de resíduos orgânicos de conchas, matéria fecal, algas e corais ou do carbonato de cálcio dissolvido que se deposita no fundo do mar. É feito principalmente de carbonato de cálcio na forma de mineral, calcita. O calcário geralmente se forma em ambientes marinhos límpidos, quentes e rasos.
O calcário às vezes se forma em água doce e também se forma em cavernas por evaporação. Quando a água evapora, qualquer carbonato de cálcio dissolvido nela é depositado no local. Se a água evaporar no teto de uma caverna, ela gradualmente forma estalactites, ao passo que forma estalagmites se cair no chão primeiro.
