A locomoção no reino protista é variada e extremamente versátil. As amebas usam processos citoplasmáticos chamados pseudópodes, enquanto os paramécios têm fileiras de cílios que se movem em uníssono como pequenos remos. Euglena e dinoflagelados usam proteínas semelhantes a chicotes chamadas flagelos para nadar, e alguns protozoários, como diatomáceas e plasmódio (o organismo que causa a malária), são imóveis, o que significa que não se movem independentemente.
Cílios e flagelos apresentam grande semelhança com estruturas observadas em bactérias. Isso sugere que as proteínas motoras surgiram muito cedo no curso da evolução. Outros eucariotos, incluindo humanos, mantiveram essas estruturas úteis. No trato respiratório humano, as células epiteliais ciliadas varrem as bactérias transportadas pelo ar e os resíduos para fora das vias respiratórias em direção à garganta, onde o reflexo da tosse os ejeta do corpo. Quanto aos flagelos, os espermatozoides contêm proteínas semelhantes em suas caudas que lhes permitem nadar.
Os pseudópodes como meio de locomoção permanecem em grande parte confinados às amebas; no entanto, alguns tipos de células humanas mantêm esse recurso. Os glóbulos brancos fagocíticos, chamados macrófagos, usam uma estrutura semelhante a um pseudópode para engolfar bactérias e esporos de fungos. Megacariócitos (células gigantes na medula óssea) estendem vários processos semelhantes aos de pseudópodes e, em seguida, clivam fragmentos citoplasmáticos para formar plaquetas.
