Os microscópios são usados atualmente em uma variedade de disciplinas, campos e contextos. Por exemplo, os biólogos usam microscópios para estudar organismos minúsculos, como bactérias e algas. Médicos e trabalhadores de laboratório costumam usar microscópios para investigar amostras biológicas de parasitas.
Devido aos avanços na tecnologia do microscópio, os cientistas modernos são capazes de observar uma série de pequenos objetos e fenômenos. Por exemplo, os médicos podem testemunhar a transmissão de impulsos nervosos em uma amostra de células cerebrais. Os médicos podem até observar as células produzindo seus produtos, como quando uma célula do pâncreas secreta insulina.
Os microscópios também são usados para examinar os pequenos detalhes de objetos grandes o suficiente para serem vistos a olho nu. Os investigadores do crime, por exemplo, usam microscópios para estudar as evidências que coletam. Por exemplo, ao visualizar os cabelos em alta ampliação, os investigadores podem determinar se o cabelo foi extraído à força ou caiu sozinho.
Além de usar microscópios convencionais baseados em luz, muitos cientistas usam microscópios eletrônicos para investigar objetos que são pequenos demais para serem vistos de outra forma. Os microscópios eletrônicos não dependem de uma fonte de luz para visualização. Eles refletem um feixe de elétrons de objetos para determinar sua forma, em vez de raios de luz. Microscópios eletrônicos são necessários para visualizar objetos como vírus.