Os microrganismos contribuem para a produção de queijo de várias maneiras: as bactérias ajudam a acidificar o leite, enquanto as enzimas aceleram a coagulação e as proteínas ajudam a amadurecer e envelhecer o queijo. A produção de queijo segue várias etapas precisas, empregando microrganismos em cada estágio. Esses organismos dão estrutura, formato, sabor e textura ao queijo.
A fabricação de queijos envolve essencialmente a separação da água do leite, o que ocorre ao longo de um período de tempo. O processo começa com a separação dos elementos do leite em duas formas, que são coalhada e soro de leite. A coalhada é responsável pelas partículas sólidas no leite, enquanto o soro existe na forma líquida. As bactérias ajudam a separar os dois componentes, iniciando o papel dos microrganismos no processo de fabricação do queijo.
Duas bactérias, bactérias mesofílicas e bactérias termofílicas, transformam os açúcares do leite em ácido láctico. Eles também estabilizam a quantidade de ácido no leite, reduzindo sua acidez. Bactérias mesófilas aparecem em queijos mais macios, como Gouda, Mozzarella e Cheddar. Essas bactérias vivem em temperatura ambiente, mas morrem em altas temperaturas. As bactérias termofílicas, em contraste, sobrevivem à exposição a altas temperaturas. Essas bactérias produzem queijos duros, como Gruyere e Romano.
Depois de separar o leite, os produtores de queijo adicionam enzimas chamadas coalho. O coalho acelera a coagulação e produz coalhada mais forte. Ajuda a remover o excesso de água, produzindo um queijo espesso e duro. No estágio final de maturação, bactérias e até fungos começaram a trabalhar, quebrando proteínas e criando muitos sabores.