Os fungos são benéficos para os humanos como fontes de alimento e como suporte essencial para outros tipos de alimentos. Eles criam medicamentos importantes e são até usados como inseticidas biológicos. Eles também são decompositores vitais, ou saprotróficos, que decompõem os resíduos orgânicos em formas mais úteis.
Entre 80% e 90% das árvores e gramíneas não podem sobreviver sem uma relação simbiótica com os fungos do solo. Isso torna os fungos essenciais para o cultivo da grande maioria das safras de alimentos, mesmo quando não são consumidos diretamente.
Os fungos também podem proteger as plantações de alimentos agindo como patógenos para pragas de insetos. As espécies de fungos que fazem isso evoluíram para atacar apenas certas espécies de insetos e deixar as plantas ilesas. Eles crescem através do corpo dos insetos e eventualmente emergem para espalhar seus esporos para outros insetos.
Os fungos também são importantes para o processamento de alimentos e são ingredientes essenciais em certos tipos de queijos, na panificação e na fermentação do álcool. A coloração azul do queijo azul é um tipo de fungo.
Os fungos também são uma importante fonte de antibióticos, imunossupressores, precursores de esteróides e substâncias que param o sangramento. Os fungos são úteis para a pesquisa porque crescem facilmente, como as bactérias, mas estão muito mais próximos da estrutura celular e genética dos humanos.