A fotossíntese é responsável por alguns dinoflagelados obterem nutrição e a outra metade obter nutrição através da fagotrofia e osmotrofia. A fotossíntese é um processo que transforma a energia luminosa em energia química para o organismo usar como combustível quando necessário.
A fagotrofia é um tipo de digestão intracelular e a osmotrofia envolve osmose, causando a absorção de compostos orgânicos após dissolvê-los. Os dinoflagelados são muito comuns em ecossistemas aquáticos, cerca de metade são heterotróficos e a outra metade são fotossintéticos. Devido à diversidade deste tipo de protesto, são comuns no zooplâncton e fitoplâncton de ecossistemas de água doce e marinho. Eles também estão no gelo marinho e em ambientes bentônicos.
