O sistema endócrino é vital para a reprodução, controlando tudo, desde o sexo de um organismo até a geração e liberação de gametas e até mesmo o impulso sexual. O sistema endócrino é responsável pela criação e liberação de hormônios, os mensageiros químicos que regulam a maioria dos sistemas do corpo. Perturbações em qualquer um dos vários aspectos do sistema endócrino podem desligar o sistema reprodutivo.
Em humanos e outros mamíferos, a testosterona, o estrogênio e a progesterona são os principais hormônios sexuais que controlam a liberação de gametas e, nas mulheres, também a preparação do útero para sustentar os filhotes. Após o nascimento em mamíferos, os hormônios também controlam a liberação de leite para alimentar os filhotes.
O sistema endócrino, como um todo, compartilha uma função com o sistema nervoso, lidando com tarefas de longo prazo para as quais a ação rápida e enérgica dos nervos não é necessária. Os hormônios não têm vias de sinalização dedicadas como os nervos; em vez disso, eles viajam das glândulas que os produzem, por meio do sangue, até os locais onde são necessários. As células dos órgãos afetados pelos hormônios têm receptores especiais apenas para os hormônios destinados a afetar aquele órgão ou tecido. Por exemplo, uma mudança nos hormônios sexuais é recebida pelas células nos ovários, o que as faz terminar de se desenvolver e liberar um óvulo.