Felix Dujardin deu sua maior contribuição à teoria celular quando propôs a classificação de um novo tipo de organismo unicelular que chamou de rizópodes. Os rizópodes de Felix Dujadin são agora conhecidos como protozoários.
Felix Dujardin também é conhecido por seu trabalho em refutar a teoria de Christian Gottfried Ehrenburg de que os organismos microscópicos tinham órgãos com funções semelhantes aos dos vertebrados. Ao estudar foraminíferos, Félix Dujardin também descobriu uma estrutura de vida sem forma que ele chamou de sarcodo, mas que conhecemos hoje como protoplasma. Ele também é conhecido por sua ampla pesquisa sobre grupos de invertebrados, como equinodermos, cnidários e helmintos.
