De acordo com a Agência de Proteção Ambiental dos Estados Unidos, as águas residuais podem conter produtos químicos desreguladores endócrinos (EDCs) que, quando liberados no meio ambiente, podem afetar negativamente as populações de peixes. Dois dos principais perigos incluem feminização e perturbação das populações de peixes.
As estações de tratamento de águas residuais são projetadas para livrar as águas residuais de patógenos, partículas de resíduos e nutrientes, mas os EDCs potenciais são mais difíceis de eliminar. Esses produtos químicos acabam nas águas residuais de várias maneiras, pois estão presentes em produtos farmacêuticos, detergentes, sabonetes, plásticos, alimentos e produtos de higiene pessoal, como perfumes. De acordo com a EPA, foi demonstrado que a presença de EDCs feminiza as populações de peixes que estão a jusante das estações de tratamento de águas residuais.
O outro efeito sério dos EDCs nas águas residuais é a capacidade de prejudicar as populações de peixes. Um estudo realizado pelo Departamento de Pesca e Oceanos do Canadá expôs minnow em um lago a baixas concentrações de estrogênio. Em 3 anos, o desenvolvimento reprodutivo dos peixinhos machos e fêmeas sofreu graves defeitos e quase levou à extinção dos peixes do lago. A quantidade de estrogênio usada no estudo foi semelhante à quantidade medida em cursos de água infestados de esgoto, o que mostra que os EDCs presentes nas águas residuais têm o potencial de interromper as populações de peixes selvagens.