Os líquenes podem pertencer a um, dois ou todos os três dos seguintes reinos: Fungi, Protista e Monera. Líquenes são grupos de múltiplos organismos, que podem ocorrer nas formas de fungos, protistas e monerans. Embora compartilhem a classificação de líquenes, as espécies variam amplamente em habitat, aparência e características físicas e biológicas, dependendo do reino a que pertencem.
Os líquenes pertencentes ao reino Fungi têm a capacidade de se reproduzir assexuadamente e produzir sua própria comida por meio do processo de fotossíntese. Os líquenes fúngicos podem aparecer como cogumelos e outros fungos no exterior, mas contêm características de líquen no interior. Alguns líquenes assumem a forma de células de algas; esses organismos pertencem ao reino Protista, enquanto outros líquenes são constituídos por cianobactérias e, como tais, pertencem ao reino Monera. O líquen monera aparece como algas verde-azuladas e vive principalmente em ambientes aquáticos, enquanto os protistas podem viver na terra ou na água, e o líquen fúngico normalmente cresce na terra. O líquen pode crescer em muitos habitats e tolerar condições extremas, como climas desérticos e a tundra ártica, muito bem. Os líquenes crescem no solo e em plantas e árvores em decomposição, bem como em rochas, folhas de árvores, cascas de árvores e até mesmo outros líquenes. Eles se reproduzem sexualmente e assexuadamente e se reproduzem de poros e sementes.