Três coisas que podem desnaturar as enzimas são a temperatura, o nível de pH e as concentrações de sal. As enzimas são proteínas; como acontece com todas as proteínas, as enzimas funcionam apenas em certos ambientes ideais. Esses ambientes ideais incluem certas faixas de temperatura, níveis específicos de pH e concentrações particulares de sal.
Se uma enzima não estiver em seu ambiente ideal, ela pode não funcionar bem ou mesmo não funcionar. As enzimas tornam-se desnaturadas ou desfiguradas em ambientes não ideais. As enzimas desnaturadas perdem suas formas dobradas tridimensionais naturais.
Muitas enzimas não funcionam bem em altas temperaturas. Um aumento na temperatura geralmente favorece a função enzimática, mas em temperaturas acima de 40 graus Celsius, muitas enzimas animais não funcionam mais. Uma mudança no nível de pH afeta as ligações de hidrogênio, um tipo fraco de ligação que conecta partes da enzima umas às outras; isso muda a forma da enzima. Mudanças na salinidade afetam a ligação do grupo R nos aminoácidos, os blocos de construção de todas as proteínas. Esses grupos R, também chamados de cadeias laterais de aminoácidos, interagem entre si para produzir a forma tridimensional de uma proteína.