Você não pode ver um microrganismo sem usar um microscópio. Você também não pode sentir o gosto ou o cheiro de microrganismos, como bactérias, em alimentos contaminados. No entanto, você pode sentir o odor das bactérias que metabolizam o suor. As infecções fúngicas das unhas também produzem um odor.
Embora todas as bactérias e arqueas sejam microrganismos, apenas alguns fungos e algas o são. Alguns animais, como os rotíferos e quase todos os protozoários, são microscópicos. Os minúsculos organismos vivem no solo, na atmosfera, no fundo do oceano e nas profundezas das rochas. Os microrganismos auxiliam na decomposição na reciclagem de nutrientes nos ecossistemas. Microrganismos transportados pelo ar podem influenciar a precipitação e o clima. Outros são ativos no ciclo do nitrogênio.