Durante a Peste Negra, os flagelantes eram grupos de pessoas que vagueavam de cidade em cidade açoitando a si mesmas e a si mesmas com flagelos. Eles acreditavam que a praga era um castigo de Deus e que seus próprios a mutilação era uma forma de expiação.
A chegada da Peste Negra espalhou medo e pânico por toda a Europa. Em outubro de 1347, vários navios mercantes genoveses atracaram em Messina, na Sicília, com todos os membros da tripulação mortos ou moribundos. Essa doença misteriosa cobria a pele em grandes furúnculos negros que vazavam sangue e gato. Nos cinco anos seguintes, a praga se espalhou por toda a Europa e matou mais de 20 milhões de pessoas, o que era quase um terço de toda a sua população.
Embora os cientistas agora percebam que as pulgas dos ratos carregavam um bacilo que causava a Peste Negra e que ele também viajava de pessoa para pessoa pelo ar, ninguém tinha ideia do que causava a terrível doença. As pessoas fugiram dos doentes e os deixaram morrer nas ruas. Alguns atribuíram a doença a causas sobrenaturais. Outros, entretanto, como os flagelantes, alegaram que era o resultado de pecados como heresia, blasfêmia, fornicação, ganância e mundanismo. Chegando a uma cidade, os flagelantes se batiam ritualisticamente três vezes por dia durante 33 dias e meio. Quando terminassem, eles iriam para a próxima cidade e repetiriam o ritual. Embora o papa a princípio tenha tolerado o movimento flagelante, eventualmente ele começou a acreditar que os penitentes estavam usurpando sua autoridade. Em 1349 ele denunciou o movimento, que desapareceu logo depois.
