Em 2000, Anna Stanley se divorciou de seu marido, Charles Stanley, que era pastor sênior da Primeira Igreja Batista no norte de Atlanta, Geórgia, e fundador da In Touch Ministries. Eles foram casados por 44 anos .
Em sua petição de divórcio, Anna citou o casamento deles como "irremediavelmente desfeito". As notícias de seu casamento conturbado se tornaram públicas pela primeira vez na década de 1990 e foram controversas porque a Primeira Igreja Batista tinha uma regra não escrita que proibia homens divorciados de se tornarem ministros ou diáconos. Quando o casal se separou, Charles prometeu deixar o cargo de pastor se se divorciar. No entanto, depois que o divórcio se tornou definitivo, a Primeira Igreja Batista permitiu que Charles Stanley continuasse servindo como seu pastor titular.
O casal compartilha dois filhos. O filho deles, Andy Stanley, é pastor sênior da Igreja da Comunidade de North Point e fundador dos Ministérios de North Point.